A Jaguar foi baseada na Jazzmaster. Diferente da Jazzmaster, a Jaguar foi feita com uma escala de 24 polegadas (uma novidade na época) e 22 trastes. 
Os captadores da Jaguar são muito poderosos e melhoradamente protegidos, que eliminaram alguns problemas associados à isso na Jazzmaster.
Embora a Jaguar e a Jazzmaster divida o mesmo esquema de duplo-circuito, a Jaguar tem um segundo circuito mais complexo que consiste em três botões na parte inferior: os primeiros dois eram botões de ligar/desligar para os captadores de braço e ponte, respectivamente, o terceiro botão era engajado num capacitor que servia de filtro de transmissão. Esse botão foi chamado de "strangle" entre os guitarristas, devido ao fato de que quando o botão é ligado, a Jaguar realiza uma vibração de tom divergente gerando assim uma característica especialmente projetada para os guitarristas surfistas. Um dos problemas da guitarra era que os botões não são fáceis de se usar enquanto está sendo tocada e também faziam muitos ruídos quando ajustava-se os botões.
Como a Jazzmaster e Bass VI, a Jaguar têm um mecanismo de vibrato encontrado também na Fender Stratocaster. Leo Fender acreditou que o novo projeto foi superior aos projetos anteriores devido a ponte movida para trás, fazendo com que enviasse junto com as cordas durante o uso do tremolo, mantendo desse modo a entonação apropriada sob peso. O mecanismo do tremolo caracteriza também um fechamento interno da vibração, que ajuda o guitarrista a preservar o som da guitarra na eventualidade de uma corda arrebentada. Enquanto essa idéia era trabalhada somente em teoria, a atual unidade era famosa devido ao mal funcionamento, fazendo um dos mais problemáticos aspectos da Jaguar e Jazzmaster e talvez causa da rejeição dos guitarristas grudados com a Stratocaster e Telecaster.
Sua cor predominante era a Sunburst embora houvesse outras cores que hoje em dia são raras e bastante valorizadas: olympic white, shell pink, black, lake placid blue, candy apple red, fiesta red, shoreline gold, surf green, sonic blue, burgundy mist, charcoal frost, blonde e inca silver.
A 1962 Jaguar possuía o corpo em alder, e o escudo feito em três partes consistentes em celulóide de tartaruga, logo em 1965 foi mudado para plástico de tartaruga, devido às novas leis ambientalistas.
Inicialmente o braço era colado junto ao corpo, anos depois a Fender mudou o jeito de embutir o braço, fazendo isso parafusando-o. O set de madeiras do braço era braço/maple e escala/rosewood. E as marcações foram mudadas de "clay" para madre-pérola.
A Jaguar nunca conseguiu a popularidade que a Stratocaster e Telecaster obtiveram. Depois de grandes mudanças sem sucesso, a vida da Jaguar foi interrompida em 1975 depois de 13 anos de produção, voltando somente em 1995 na fábrica japonesa da Fender.
